Предположим, что Мадаре удалось создать абсолютное гендзюцу, и теперь весь мир под его контролем. Он стал Богом нового мира. Воины прекратились. На территории всех стран воцарился мир. Конечно же, Шиноби не забыли о своем боевом прошлом, но так как воин больше не было, то и в Шиноби мир уже не нуждался. Скрытые деревни перестали существовать. Мадара контролировал все, и со  временем все подчинились его воле.
Наруто было уже 17, как и его друзьям. И они жили, ну, во всяком случае, пытались жить, нормальной жизнью. Теперь использование техник Шиноби было под запретом, но когда запреты останавливали Наруто?
Но сейчас не об этом,  всех наших героев распределили на две школы: мужскую и женскую. Директором женской стал Джирая ,  а мужской – Орочимару.  Соперниками они были с детства, и вот опять пытались выяснить , чья школа круче?  Соревнования, олимпиады…. Ученикам уже начинало надоедать это вечное соперничество двух директоров, но тут вмешалась сама судьба.
Тсунаде, как инспектору из комитета образования, поручили выяснить,  какой из двух лучших академий стоит отдать огромную сумму денег на развитие учебного заведения. И она придумала вот что: из каждой школы было выбрано по три класса и отправлены на эксперимент. Мальчиков и девочек поделили на два факультета: женский и мужской соответственно. В течение года  ученики должны были жить в закрытой школе, которая находилась где-то глубоко в лесу, без связи с внешним миром.  Для этой программы были отобраны лучшие учителя и персонал. По истечению года, по успехам учащихся и будет выбрана та школа, которой отдадут гранд на развитие.  В общем, теперь между факультетами развернется нешуточная борьба, ведь правила внешнего мира на них не действуют, а многие ученики и учителя еще и бывшие Шиноби…